Johannisborgs slott började uppföras 1613 som residens för hertig Johan, som förvaltade Östergötland, och som värn för staden Norrköping. Troligen anlitades Hans Fleming från Nederländerna som arkitekt. Slottsbygget drog ut på tiden och var inte färdigt förrän 1639. Då var hertigparet sedan länge döda.
Efter rysshärjningen 1719 användes byggmaterial från slottet vid återuppbyggandet av Norrköping. Endast delar av porttornet lämnades kvar.